以原嘉絨藏族十八土司中梭磨、松崗、卓克基、黨壩四個土司屬地為雛形建立而來，亦稱“四土地區(qū)”。

近年文化考古工作發(fā)現(xiàn)距今約5000多年的沙爾宗哈休遺址，是四川省目前已發(fā)現(xiàn)年代最早的新石器時期地方文化類型。

元朝順帝至二年（1336年），設(shè)宣政院，建立土司制。

清乾隆年間兩次征“金川之役”（1747-1771年），曾長時間駐兵于“四土”。

梭磨土司因隨征大小金川有功，1775年受宣慰司印信號紙。

1950年12月，茂縣專署派工作團到四土地區(qū)，成立四土和綽斯甲臨時軍政委員會。

1951年8月，人民解放軍進駐“四土”，宣布“四土”地區(qū)和平解放。

1953年4月，經(jīng)政務(wù)院批復，成立“四川省藏族自治區(qū)馬爾康辦事處”（相當縣級），是為馬爾康縣之始。

1956年4月，經(jīng)國務(wù)院批復，設(shè)置四川省阿壩藏族自治州馬爾康縣，駐地馬爾康鎮(zhèn)。

2015年11月4日，國務(wù)院撤銷馬爾康縣，設(shè)立縣級馬爾康市。

市區(qū)馬爾康鎮(zhèn)是阿壩藏族羌族自治州政府駐地，是阿壩州政治、文化、金融、商貿(mào)、信息中心。

馬爾康市是中國工農(nóng)紅軍長征經(jīng)過的地方，1935年，紅軍長征經(jīng)過馬爾康時，曾在市內(nèi)駐留一年余，并在馬爾康市境內(nèi)建立了十三個鄉(xiāng)蘇維埃政權(quán)。

中國工農(nóng)紅軍長征途中，毛澤東、朱德、周恩來、張聞天等領(lǐng)導曾在卓克基土司官寨中留宿一周。

2010年9月，四川省人民政府以（川府函〔2010〕177號）文認定馬爾康為革命老區(qū)縣。

2015年12月經(jīng)民政部同意，撤銷馬爾康縣設(shè)立縣級馬爾康市，已原馬爾康縣的行政區(qū)域為馬爾康市的行政區(qū)域。