漢屬閬中縣地。粱改南部縣。因地居?xùn)|漢巴西郡之南而得名。
2000年，南部縣轄32個(gè)鎮(zhèn)、48個(gè)鄉(xiāng)。根據(jù)第五次人口普查數(shù)據(jù)：全縣總?cè)丝?186897人，其中各鄉(xiāng)鎮(zhèn)人口（人）：南隆鎮(zhèn)142722河?xùn)|鎮(zhèn)10941老鴉鎮(zhèn)20022永定鎮(zhèn)17588碑院鎮(zhèn)17102謝河鎮(zhèn)11609盤龍鎮(zhèn)23261鐵佛塘鎮(zhèn)12467石河鎮(zhèn)16930度門鎮(zhèn)20474王家鎮(zhèn)18716富利鎮(zhèn)11644楠木鎮(zhèn)25102長坪鎮(zhèn)10915東壩鎮(zhèn)21736河壩鎮(zhèn)17941定水鎮(zhèn)25978大王鎮(zhèn)10986黃金鎮(zhèn)14005流馬鎮(zhèn)14161建興鎮(zhèn)23420三官鎮(zhèn)16286伏虎鎮(zhèn)21440雙佛鎮(zhèn)13235花罐鎮(zhèn)11371大橋鎮(zhèn)15185大河鎮(zhèn)15919萬年鎮(zhèn)10672升鐘鎮(zhèn)16442升水鎮(zhèn)8583大坪鎮(zhèn)12062神壩鎮(zhèn)10524碾盤鄉(xiāng)11111火峰鄉(xiāng)14645群龍鄉(xiāng)15344高云鄉(xiāng)11265大富鄉(xiāng)17957光華鄉(xiāng)8258碧龍鄉(xiāng)13825董家鄉(xiāng)7122柴井鄉(xiāng)20072三清鄉(xiāng)13127中心鄉(xiāng)13891五靈鄉(xiāng)16489平橋鄉(xiāng)12041梅家鄉(xiāng)13532龍廟鄉(xiāng)10175馬王鄉(xiāng)11901大埝鄉(xiāng)8606窯場鄉(xiāng)12018太華鄉(xiāng)8431興盛鄉(xiāng)12858鳳臺鄉(xiāng)6303寒坡鄉(xiāng)15547水音鄉(xiāng)5831肖家鄉(xiāng)10554義豐鄉(xiāng)10870龍風(fēng)鄉(xiāng)10526四龍鄉(xiāng)12539碾埡鄉(xiāng)11926千秋鄉(xiāng)8116玉鎮(zhèn)鄉(xiāng)8465小元鄉(xiāng)13944柳驛鄉(xiāng)12869石泉鄉(xiāng)15748雄獅鄉(xiāng)10183宏觀鄉(xiāng)15778永慶鄉(xiāng)8756永紅鄉(xiāng)16787柳樹鄉(xiāng)11612保城鄉(xiāng)10862雙峰鄉(xiāng)10567皂角鄉(xiāng)7977丘埡鄉(xiāng)10968光中鄉(xiāng)9755鐵鞭鄉(xiāng)7424太霞鄉(xiāng)6505店埡鄉(xiāng)9043桐坪鄉(xiāng)10729西河鄉(xiāng)4606
2004年9月3日，四川省人民政府（川府民政[2004]30號）同意將南部縣柴井鄉(xiāng)和度門鎮(zhèn)劃歸儀隴縣管轄。
2004年9月30日，四川省人民政府（川府函[2004]228號）同意南部縣人民政府機(jī)關(guān)辦公駐地由南隆鎮(zhèn)文廟街8號遷至該鎮(zhèn)金葫路8號。
2004年底，南部縣轄31個(gè)鎮(zhèn)（南隆、建興、盤龍、定水、王家、謝河、老鴉、石河、東壩、楠木、伏虎、大坪、升鐘、河壩、富利、長坪、黃金、大橋、流馬、大河、萬年、花罐、雙佛、升水、神壩、河?xùn)|、大王、三官、永定、碑院、鐵佛塘）、47個(gè)鄉(xiāng)（三清、四龍、群龍、龍廟、梅家、平橋、寒坡、龍鳳、小元、柳驛、永紅、皂角、光中、太霞、大富、碧龍、石泉、雄獅、太華、碾盤、肖家、玉鎮(zhèn)、千秋、光華、窯場、馬王、大埝、五靈、中心、興盛、碾埡、宏觀、保城、柳樹、雙峰、西河、鐵鞭、桐坪、店埡、丘埡、高云、董家、火峰、鳳臺、水音、義豐、永慶）。
2005年，南部縣轄31個(gè)鎮(zhèn)、47個(gè)鄉(xiāng)：南隆鎮(zhèn)、河?xùn)|鎮(zhèn)、老鴉鎮(zhèn)、永定鎮(zhèn)、碑院鎮(zhèn)、謝河鎮(zhèn)、盤龍鎮(zhèn)、鐵佛塘鎮(zhèn)、石河鎮(zhèn)、王家鎮(zhèn)、富利鎮(zhèn)、楠木鎮(zhèn)、長坪鎮(zhèn)、東壩鎮(zhèn)、河壩鎮(zhèn)、定水鎮(zhèn)、大王鎮(zhèn)、黃金鎮(zhèn)、流馬鎮(zhèn)、建興鎮(zhèn)、三官鎮(zhèn)、伏虎鎮(zhèn)、雙佛鎮(zhèn)、花罐鎮(zhèn)、大橋鎮(zhèn)、大河鎮(zhèn)、萬年鎮(zhèn)、升鐘鎮(zhèn)、升水鎮(zhèn)、大坪鎮(zhèn)、神壩鎮(zhèn)、碾盤鄉(xiāng)、火峰鄉(xiāng)、群龍鄉(xiāng)、高云鄉(xiāng)、大富鄉(xiāng)、光華鄉(xiāng)、碧龍鄉(xiāng)、董家鄉(xiāng)、三清鄉(xiāng)、中心鄉(xiāng)、五靈鄉(xiāng)、平橋鄉(xiāng)、梅家鄉(xiāng)、龍廟鄉(xiāng)、馬王鄉(xiāng)、大埝鄉(xiāng)、窯場鄉(xiāng)、太華鄉(xiāng)、興盛鄉(xiāng)、鳳臺鄉(xiāng)、寒坡鄉(xiāng)、水音鄉(xiāng)、肖家鄉(xiāng)、義豐鄉(xiāng)、龍鳳鄉(xiāng)、四龍鄉(xiāng)、碾埡鄉(xiāng)、千秋鄉(xiāng)、玉鎮(zhèn)鄉(xiāng)、小元鄉(xiāng)、柳驛鄉(xiāng)、石泉鄉(xiāng)、雄獅鄉(xiāng)、宏觀鄉(xiāng)、永慶鄉(xiāng)、永紅鄉(xiāng)、柳樹鄉(xiāng)、保城鄉(xiāng)、雙峰鄉(xiāng)、皂角鄉(xiāng)、丘埡鄉(xiāng)、光中鄉(xiāng)、鐵鞭鄉(xiāng)、太霞鄉(xiāng)、店埡鄉(xiāng)、桐坪鄉(xiāng)、西河鄉(xiāng)。