民國時期，為南充縣扶君鄉(xiāng)第7保。

1950年，為扶君鄉(xiāng)第7村。

1958年，為多扶人民公社第14大隊。

1961年，為扶君人民公社第7大隊。

1966年，立新人民公社第7大隊。

1972年，為扶君公社第7大隊。

1981年，地名普查時為泥巴寺大隊。

1984年，人民公社改制為鄉(xiāng)時將該大隊更名為泥巴寺村。

2019年，撤銷扶君鄉(xiāng)和金山鄉(xiāng)，將其所屬行政區(qū)域劃歸多扶鎮(zhèn)管轄（南府函〔2019〕76號）。

2020年4月，泥巴寺村、雷家溝村、黃家溝村合并設(shè)立泥巴寺村（西府發(fā)〔2020〕7號）。