西漢時，屬西域三十六國之一的尉頭國，隸屬西域都護府。

魏晉南北朝時期，尉頭并入龜茲國。

唐在古尉頭國地置尉頭州，隸屬龜茲都督府。

元朝為察哈臺后王之封地。

明末至清初屬葉爾羌汗國統(tǒng)治，后屬準噶爾。

清乾隆二十四年（1759），置烏什辦事大臣，布魯特（柯爾克孜）游牧的哈克夏勒（古尉頭，今阿合奇）地區(qū)與鄰近的烏什地區(qū)合并歸其管轄。

清光緒九年（1883）置烏什直隸廳，屬阿克蘇道。

1913年改烏什直隸廳為烏什縣，隸屬阿克蘇道。

1940年8月，阿合奇正式從烏什縣劃出單獨設(shè)縣，初稱設(shè)治局，治所在阿合奇（今哈拉奇鄉(xiāng)阿合奇村）。

1941年8月，設(shè)治局從阿合奇遷至吾曲（即今縣城阿合奇鎮(zhèn)）。

1944年升格為阿合奇縣。

1950年4月25日，阿合奇縣人民政府成立，屬阿克蘇專員公署。

1954年7月，劃歸克孜勒蘇柯爾克孜自治區(qū)（1955年改稱自治州）。