漢代為車師前國(guó)地，神爵三年（前59）屬西域都護(hù)府。

南北朝為高昌國(guó)。

唐貞觀十四年（公元640）年設(shè)西州。

唐咸通七年（公元866）建立高昌回鶻王國(guó)至元朝。

元末，吐魯番分設(shè)柳城、火州、吐魯番三個(gè)萬(wàn)戶府達(dá)魯花赤。

光緒十年（1884）改設(shè)吐魯番直隸廳。

1913年吐魯番直隸廳改為吐魯番縣（含托克遜）隸迪化道。

1975年成立吐魯番地區(qū)，轄吐魯番、鄯善和托克遜3縣。

1985年吐魯番縣改市。

2015年撤地設(shè)市更名為吐魯番市，沿用至今。