6世紀(jì)前，西藏先后出現(xiàn)“十二邦”和“四十小邦”。
今林周縣境內(nèi)有“額布查松”邦和“耶熱宇西”“龍若亞松”兩個小邦。
“額布查松”是“十二邦”之一，其中心為今江熱夏鄉(xiāng)斯木巴村一帶（有城堡遺址）。
3個邦的轄境包括今林周縣、達孜區(qū)部分地區(qū)及城關(guān)區(qū)蔡公堂街道。
5世紀(jì)末6世紀(jì)初，該區(qū)域改名為澎域。
7世紀(jì)初，悉補野第32代贊普松贊干布建立統(tǒng)一的吐蕃政權(quán)后，將吐蕃全境劃分茹、東迪、域參等地方機構(gòu)。
今林周縣境內(nèi)為衛(wèi)茹轄地，衛(wèi)茹設(shè)有10個東迪（千戶所）和18個域參（村級行政機構(gòu)），其中澎域境內(nèi)設(shè)有4個東迪和3個域參。
9世紀(jì)后葉，吐蕃政權(quán)崩潰后，西藏處于割據(jù)狀態(tài)，以薩凱（故址在薩塘，古稱“澎域薩莫崗”，今譯作“撒當(dāng)”，屬今林周縣卡孜鄉(xiāng)改布村）為中心形成林周縣南部地區(qū)最大的地方割據(jù)勢力，由卓、瑪兩氏族統(tǒng)治。
北宋嘉祐二年（1057，藏歷第一饒迥火雞年）和南宋淳熙七年（1180，藏歷第三饒迥鐵鼠年），在今林周縣境內(nèi)先后建立藏傳佛教噶舉派熱振寺、達龍寺，兩座寺逐漸成為澎域北部地區(qū)很有影響的政教合一力量，尤其是達龍寺成為統(tǒng)治一方的地方政教勢力。
元朝，中央政府設(shè)萬戶制管理西藏地方，林周縣北部大部分地區(qū)歸達龍寺管轄，其余地區(qū)基本上由“止貢萬戶”統(tǒng)治。
元末、明代，中央政府承認(rèn)帕木竹巴勢力管理西藏地方事務(wù)，絳曲堅贊在西藏實行宗豁制度，設(shè)13個大宗，在林周設(shè)立倫珠宗（今譯林周，宗治所在今縣城附近），為新建13個大宗之一。
此后較長時期，今林周縣南部由達龍寺控制的倫珠宗管理，而北部地區(qū)則由達龍寺控制的旁多宗管理。
明崇禎十五年（1642，藏歷第十一饒迥水馬年），在蒙古汗王固始汗的支持下，第五世達賴?yán)锇⑼_桑嘉措建立甘丹頗章地方政權(quán)，旁多宗、倫珠宗歸其管理。
清康熙十八年（1679，藏歷第十一饒迥土羊年），西藏地方政府在澎域設(shè)立倫珠、薩拉、卡孜、朗塘、旁多、達孜6個宗，管理澎域全境，直至20世紀(jì)50年代。
其中，倫珠宗管轄范圍最大。
1951年，西藏和平解放，根據(jù)《中央人民政府和西藏地方政府關(guān)于和平解放西藏辦法的協(xié)議》中所明確的“對西藏現(xiàn)行政治制度，中央不予變革”的規(guī)定，保持西藏地方在林周境內(nèi)原有的宗及豁卡的政治體制。
1954年，西藏地方政府設(shè)立“衛(wèi)區(qū)”，今林周縣境內(nèi)設(shè)有撒拉豁、朗塘豁、卡孜豁、林周宗。
1956年8月，西藏自治區(qū)籌備委員會設(shè)立拉薩基巧辦事處，林周縣境內(nèi)的林周宗、旁多豁、撒拉豁、朗塘豁、卡孜豁，均由拉薩基巧辦事處管轄。
1958年，噶廈在今林周境內(nèi)設(shè)基巧（總管）一職，派一名五品俗官出任基巧，今林周縣轄境分屬于倫珠、撒當(dāng)、卡孜、朗塘、旁多、達孜6個宗豁。
1959年10月，西藏實行民主改革，國務(wù)院批準(zhǔn)解散西藏地方政府，西藏自治區(qū)籌備委員會撤銷拉薩基巧辦事處，設(shè)立拉薩市，林周宗、旁多豁、撒拉豁、朗塘豁、卡孜豁劃歸拉薩市管轄。
1960年1月，撤銷林周宗、旁多豁、撒拉豁、朗塘豁、卡孜豁，合并設(shè)立林周縣、旁多縣。
同年，經(jīng)自治區(qū)籌備委員會批準(zhǔn)，在原朗塘所轄地建澎波農(nóng)場，并將卡孜區(qū)合并到澎波農(nóng)場，場部設(shè)在甘丹曲果，由西藏軍區(qū)農(nóng)墾建設(shè)師領(lǐng)導(dǎo)，達孜縣代管。
林周縣轄唐古、德仲、撒當(dāng)、阿朗4個區(qū)。
1962年10月，撤銷旁多縣，其行政區(qū)域并入林周縣。
1971年，林周縣人民政府駐地由甘丹曲果遷至旁多。
1984年10月，西藏自治區(qū)將自治區(qū)農(nóng)墾廳林周農(nóng)場退場還民移交林周縣，開始了撤社建鄉(xiāng)工作，1988年6月，拉薩市委、市政府將由達孜縣代管的彭波區(qū)下設(shè)的10個鄉(xiāng)，交由林周縣管轄，1988年，林周縣政府亦由原駐地旁多鄉(xiāng)區(qū)搬遷至甘旦曲鎮(zhèn)。