巧家，古稱堂狼，史見于先秦，建制于秦漢。

西漢置堂瑯縣，屬犍為郡。

東漢永初元年（107），置堂狼縣，屬犍為屬國。

三國蜀漢分犍為立朱提郡。

南朝齊屬南朱提郡，梁廢縣。

唐武德元年（618）置唐興縣。

南詔蒙氏置東川郡，屬爨部地。

五代天福三年（938），宋大理段氏置東川大都督，后為烏蒙閟畔部地。

元初置閟畔萬戶府。

至元十五年（1278），改閟畔軍民總管府，隸烏撒烏蒙宣慰司。

二十八年（1291），屬東川路地。

明洪武十四年（1381），屬東川土府，隸云南布政使司。

十六年（1383），改隸四川布政使司，為東川軍民府地。

清康熙三十八年（1699），改土歸流，隸云南，設(shè)流官知府，仍屬東川路地。

時境屬明末沿襲之馬樹、法嘎、弩革、巧家四火目地。

清雍正五年（1727），置會澤縣，治巧家汛，縣城駐地龍格（彝語弄戈，今巧家營）。

翌年，因征糧不便，移府經(jīng)歷分防巧家，遷東川營右軍守備分扎，均駐“龍格”。

設(shè)魯木得（今縣城）、者那安居租、弩革、湯丹陳機(jī)租四汛，二十二塘，六卡。

雍正十年（1732），始建木城于“龍格”，翌年地震傾圮，十二年（1734），修復(fù)。

清乾隆五年（1740），為開浚金沙江濟(jì)運(yùn)巧屬湯丹等地銅筋，撥四川轄屬披沙二十一寨劃歸云南東川，另建土城于木期古（即蒙居租，金沙江外）。

十四年（1749），銅筋仍改陸運(yùn)，此城遂廢。

清嘉慶十六年（1811）于魯木得（今縣城）改設(shè)東川府巧家撫彝府同知，劃會澤之歸治、善長、向化三里及原土戶所管21寨為慶成里亦歸統(tǒng)轄，稱“巧家撫彝府”。

同年修建城署。

十九年（1814），析會澤縣地置巧家廳，設(shè)巧家同知，屬東川府。

光緒三十一年（1905），裁撤制兵。

翌年，巧家營守備及所屬各汛一并裁撤，其職由警察總局取代。

1913年廢廳，改稱巧家縣，初屬滇中道，后廢道，直屬省府。

翌年縣局改科，廢區(qū)。

1950年4月，巧家縣人民政府正式成立，同時建立了新華、蒙姑、苞谷腦、蕎麥地、小河、大寨6個區(qū)，5月，縣屬湯丹鎮(zhèn)因成立礦區(qū)劃出直屬省管。

1951年11月，巧家縣屬金沙江左岸地區(qū)劃歸西康省寧南縣。

1952年1月，金沙江西岸中段的景星、大同兩鄉(xiāng)和六城壩、騎騾溝等地劃歸寧南縣；5月，金沙江上段的淌塘、青山、溜姑、黃坪、老口、松坪、鐵廠等鄉(xiāng)劃歸會理縣。

1954年5月，成立城關(guān)鎮(zhèn)。

同年，會澤縣七區(qū)的甘沖、碧山、拖坑3鄉(xiāng)劃歸巧家縣。

1963年4月，巧家縣楊梅山區(qū)所屬河橋、水磨、楊梅山、黃草坪、白沙地、白龍磨、地得卡、樹補(bǔ)8公社劃歸東川市會澤縣五星區(qū)，楊梅山區(qū)移至馬樹，改稱馬樹區(qū)。

1968年10月成立巧家革命委員會。

1981年3月恢復(fù)巧家縣人民政府。

1970年屬昭通地區(qū)。

2001年屬昭通市至今。