清康熙年間（1662~1722年），屬巧家伙木轄地。

清雍正年間（1723~1735年）屬歸治里六甲地。

民國二十八年（1939年），改稱第八區(qū)。

民國二十九年（1940年），廢區(qū)，改稱肇勛鎮(zhèn)。

1950年，成立蕎麥地區(qū)。

1953年，析出崇溪等鄉(xiāng)置崇溪區(qū)，蕎麥地區(qū)。

1958年，分為蕎麥地、發(fā)泥2公社。

1962年，合并為蕎麥地區(qū)；同時劃出魚畢、大巖洞、紅土3大隊由鉛廠公社管轄。

1969年，區(qū)改公社，稱蕎麥地公社。

1984年，區(qū)鄉(xiāng)體制改革，改蕎麥地區(qū)。

1988年，撤區(qū)改鄉(xiāng)。

2004年9月30日，蕎麥地鎮(zhèn)更名藥山鎮(zhèn)。