北麂歷史悠久，自古以來為海防重地，有北麂島軍事設施遺址等歷史遺存。
原名東洛山，一名北岐山，地勢險要，小島回環(huán)，明初已有大陸居民到此定居，以捕魚為業(yè)，漸成聚落。
明永樂三年（1405年）至宣德八年（1433），鄭和率舟師七次下“西洋”，多次經(jīng)停東洛山。
《鄭和航海圖地名索引》載：“東洛山，據(jù)圖，東洛山在溫州港外，南己（麂）之北。”《讀史方輿紀要》卷九十四載：“東洛山，在縣東南海中。
倭寇南北往來，往往泊舟取水于此，隆慶初設舟師戍守�！鼻迩『笃谥良螒c年間，因朝廷強推禁海政策，蔡牽夫婦率所部曾踞此島周圍海洋與清軍水師李長庚、許松年等部周旋達20多年之久。
今島除，大陸村民受生活所迫者，紛紛來此海島以捕魚為業(yè)，重新建立村落，北麂遂成近海漁場；民國時，為逃避抓壯丁，有許多近海居民遷移定居于此。
上之大小較場、東西水門等名稱，皆蔡牽所署。
蔡牽失敗后，島民被逐回大陸，復成無人島。
鴉片戰(zhàn)爭后海禁解。