清時屬武平鄉(xiāng)，民國時為云源鄉(xiāng)和四靖鄉(xiāng)，而后2鄉(xiāng)合并稱云靖鄉(xiāng)，解放后統(tǒng)稱舟山鄉(xiāng)。

1950年分舟山、前村2個鄉(xiāng)，1956年方丘、新樓兩鄉(xiāng)合并為新樓鄉(xiāng)。

前村、舟山合并復稱舟山鄉(xiāng)，1958年舟山鄉(xiāng)稱舟山管理區(qū)，曾稱躍進人民公社，后稱新樓管理區(qū)。

1961年舟山管理區(qū)改為舟山公社，1983年復稱舟山鄉(xiāng)，1992年3月撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)稱舟山鎮(zhèn)；2001年舟山鎮(zhèn)并入石柱鎮(zhèn)，稱舟山管理處。

是年7月，古山、胡庫、新樓、方巖四個鄉(xiāng)合并，建立古山鎮(zhèn)，新樓設管理處。

2006年6月，新樓管理處從古山鎮(zhèn)分出與舟山管理處從石柱鎮(zhèn)分出后合并，設立舟山鎮(zhèn)，名稱沿用至今。